文章摘要:长非编码RNA（lncRNA）是一类不编码蛋白、长度大于200 nt的非编码RNA。然而,最近研究表明,部分lncRNA中含有不超过300 nt的短开放阅读框（sORFs）,具备编码小肽的能力。这一发现使得sORFs编码小肽（SEPs）这一崭新的研究领域引起人们的重视。目前,对SEPs的研究大多采用生物实验和传统机器学习方法。由于生物实验方法造价高、耗时长、传统机器学习涉及过多人工干预,提出一种结合多尺度卷积胶囊网络的深度学习模型,既能够充分提取序列特征,又通过胶囊间的连接进行特征聚类。采用五折交叉验证评估模型性能,在苔藓数据集上与单一深度学习模型和简单融合深度学习模型相比,取得较好的分类效果。另外,采用拟南芥、大豆两个物种的数据集进行独立测试,验证了模型具有良好的泛化能力。

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论文DOI:10.13705/j.issn.1671-6841.2021214

论文分类号:Q811.4;TP18

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